Cómo apoya un proyecto
La especificación de materiales debe describir por separado las cadenas sentido y antisentido, incluidas modificaciones de azúcar, enlaces del esqueleto, extremos, overhangs y cualquier sitio de conjugación.
Tratar el dúplex como dos cadenas definidas
Un dúplex siRNA sintético no se define con una sola secuencia. Las cadenas sentido y antisentido tienen secuencias, extremos y mapas de modificación propios; los overhangs y sitios de conjugación también deben asignarse a una cadena y posición concretas.
El patrón de modificaciones depende del diseño. Los trabajos publicados con residuos 2′-O-metilo y 2′-fluoro muestran que su posición en ambas cadenas afecta estabilidad y actividad RNAi; un patrón usado en un diseño no debe convertirse en regla universal.
Flujo químico habitual
Definir ambas cadenas
Registrar secuencias sentido y antisentido, longitudes, overhangs y formato de dúplex previsto.
Mapear cada modificación
Asignar cada modificación de azúcar, base, esqueleto y extremo a su posición exacta en la cadena correcta.
Elegir monómeros, soportes y química de ciclo
Ajustar fosforamiditas protegidas, soportes sólidos, oxidación o sulfuración y desprotección al diseño de cada cadena.
Sintetizar y purificar por separado
Planificar corte, desprotección y purificación de cada cadena antes de formar el dúplex.
Incorporar el conjugado cuando proceda
Definir cadena, posición, arquitectura del ligando, espaciador y si el grupo reactivo se introduce sobre el soporte o después de la síntesis.
Formar y caracterizar el dúplex
Hibridar las cadenas purificadas y definir controles de identidad, pureza, formación del dúplex y conjugado.
Datos necesarios antes de seleccionar materiales
Secuencias sentido y antisentido
Proporcionar orientación y overhangs de ambas cadenas; el nombre del gen diana no es una especificación de material.
Mapa de modificaciones por posición
Ubicar 2′-OMe, 2′-F, RNA no modificado, bases modificadas y otros residuos.
Patrón del esqueleto y extremos
Marcar enlaces fosforotioato, fosfatos terminales o análogos y cualquier extremo bloqueado o funcionalizado.
Definición de conjugación
Indicar cadena, extremo o sitio interno, ligando o grupo reactivo lipídico, enlazador y par reactivo.
Plan analítico
Definir controles para cada cadena, la especie conjugada y el dúplex hibridado.
Alcance de esta página
Esta página cubre materiales y planificación química para investigación con siRNA. No selecciona secuencias diana, predice actividad de silenciamiento, establece una vía de administración ni sustenta conclusiones de seguridad, clínicas o regulatorias.
Catálogo y páginas técnicas relacionadas
Fuentes
- 1.RNA interference is mediated by 21- and 22-nucleotide RNAs (Genes & Development, 2001)
- 2.RNA interference in mammalian cells by chemically-modified RNA (Nucleic Acids Research, 2003)
- 3.Multivalent N-acetylgalactosamine-conjugated siRNA localizes in hepatocytes and elicits robust RNAi-mediated gene silencing (Journal of the American Chemical Society, 2014)
- 4.Advanced siRNA Designs Further Improve In Vivo Performance of GalNAc-siRNA Conjugates (Molecular Therapy, 2018)