Cómo apoya un proyecto
La selección parte de la arquitectura exacta y del ciclo. Monómero, protección, soporte, activación, oxidación o sulfuración, capping, escisión, desprotección, purificación y análisis deben ser compatibles como un solo proceso.
Partir de la cadena y condiciones completas
La síntesis sólida por fosforamidita repite detritylation, acoplamiento, oxidación o sulfuración y capping sobre una cadena unida al soporte. Los monómeros, soporte o enlazador, reactivos y tratamiento final dependen de si el objetivo es DNA, RNA, una cadena mixta o modificada, o contiene funciones internas o terminales.
Un monómero modificado no queda definido solo por base o azúcar. Posición de fosforamidita, protecciones, estereoquímica, agua o solvente, pureza, almacenamiento, activación, tiempo de acoplamiento y desprotección pueden alterar incorporación e impurezas; deben probarse en la secuencia prevista.
Revisión típica de materiales y química
Definir la arquitectura
Secuencia, carácter DNA/RNA, modificaciones, backbone, extremos 3′/5′, grupos reactivos internos y sitios de conjugación o labeling.
Mapear monómeros y soporte
Asignar cada fosforamidita y elegir soporte o enlazador compatible con el extremo 3′ y el escisión.
Revisar el ciclo
Detritylation, activación, tiempo y equivalentes, capping, oxidación/sulfuración, lavados, sensibilidad al agua y ciclos repetidos.
Planificar escisión y desprotección
Retirar protecciones sin rotura, desulfuración, eliminación, isomerización o daño a grupos reactivos sensibles.
Definir purificación y análisis
Separar secuencias fallidas, desprotección incompleta, variantes PO/PS, isómeros, aductos, residuos e impurezas.
Confirmar en contexto
Evaluar incorporación, perfil crudo, recuperación longitud completa, identidad, pureza e impurezas en una cadena representativa.
Información requerida
Secuencia y mapa
Secuencia exacta con cada nucleótido modificado, enlace, extremo, espaciador, rama, marcador, ligando y posición.
Formato de síntesis
Química DNA/RNA, equipo, escala, soporte y carga, activador, ciclo, oxidante/sulfurante y tiempo.
Cleavage y desprotección
Reactivos, temperatura, tiempo, orden, tratamiento en columna y grupos que deben sobrevivir.
Especificación del material
Estructura, estereoquímica, contenido/pureza, agua, solvente, contenido reactivo, almacenamiento, envase y documentos.
Análisis de cadena final
Masa, pureza o longitud completa, secuencia cuando proceda, patrón PO/PS, impurezas, residuos y conjugado.
Alcance
Cubre selección y trabajo acordado para nucleósidos y fosforamiditas modificados, soportes o enlazadores, reactivos de sulfuración, materiales cap y otros insumos definidos. No implica todos los monómeros, soportes, secuencias, protecciones, plataformas, escalas o servicio de oligo terminado, ni garantiza acoplamiento, rendimiento longitud completa, pureza, estereoquímica, actividad, estabilidad o estado regulatorio.
Catálogo y páginas técnicas relacionadas
Fuentes
- 1.Deoxynucleoside phosphoramidites—A new class of key intermediates for deoxypolynucleotide synthesis (Tetrahedron Letters, 1981)
- 2.Synthesis of deoxyoligonucleotides on a polymer support (Journal of the American Chemical Society, 1981)
- 3.New nucleoside phosphoramidites and coupling protocols for solid-phase RNA synthesis (The Journal of Organic Chemistry, 1991)
- 4.Phosphorothioate Oligonucleotides with Low Phosphate Diester Content: Greater than 99.9% Sulfurization Efficiency with Aged Solutions of PADS (Organic Process Research & Development, 2004)