Wie dies ein Projekt unterstützt
Eine Materialspezifikation muss Sense- und Antisense-Strang getrennt abbilden, einschließlich Zuckermodifikationen, Backbone-Verknüpfungen, Enden, Überhängen und Konjugationsstellen.
Den Duplex als zwei definierte Stränge behandeln
Ein synthetischer siRNA-Duplex wird nicht durch eine einzelne Sequenz beschrieben. Sense- und Antisense-Strang besitzen eigene Sequenzen, Enden und Modifikationspläne; Überhänge und Konjugationsstellen müssen ebenfalls einem konkreten Strang und einer Position zugeordnet werden.
Modifikationsmuster sind designspezifisch. Veröffentlichte Arbeiten mit 2′-O-Methyl- und 2′-Fluor-Resten zeigen, dass ihre Position in beiden Strängen Stabilität und RNAi-Aktivität beeinflusst. Ein Muster aus einem Design ist daher keine allgemeine Austauschregel.
Typischer chemischer Ablauf
Beide Stränge definieren
Sense- und Antisense-Sequenz, Stranglängen, Überhänge und vorgesehenes Duplexformat dokumentieren.
Jede Modifikation zuordnen
Zucker-, Basen-, Backbone- und terminale Modifikationen exakt dem richtigen Strang und der richtigen Position zuweisen.
Monomere, Träger und Zykluschemie wählen
Geschützte Phosphoramidite, feste Träger, Oxidation oder Sulfurisierung und Entschützung an jeden Strang anpassen.
Stränge getrennt synthetisieren und aufreinigen
Abspaltung, Entschützung und Aufreinigung beider Stränge vor der Duplexbildung planen.
Konjugat bei Bedarf einbauen
Konjugierten Strang, Position, Ligandenarchitektur, Spacer und Einbau auf dem Träger oder nach der Synthese festlegen.
Duplex bilden und charakterisieren
Aufgereinigte Stränge hybridisieren und Methoden für Identität, Reinheit, Duplexbildung und Konjugatbestätigung definieren.
Angaben vor der Materialauswahl
Sense- und Antisense-Sequenzen
Beide Stränge mit Orientierung und Überhängen angeben; ein Zielgenname ist keine Materialspezifikation.
Positionsgenauer Modifikationsplan
2′-OMe, 2′-F, unmodifizierte RNA, modifizierte Basen und weitere Reste exakt markieren.
Backbone- und Endmuster
Phosphorothioatpositionen, terminale Phosphate oder Analoga sowie blockierte oder funktionalisierte Enden angeben.
Konjugationsdefinition
Strang, terminale oder interne Position, Ligand oder Lipid-Handle, Linker und Reaktionspaar festlegen.
Analytikplan
Prüfungen für beide Einzelstränge, die konjugierte Spezies und den hybridisierten Duplex definieren.
Umfang dieser Seite
Diese Seite behandelt Material- und Chemieplanung für siRNA-Forschung. Sie wählt keine Zielsequenz, sagt keine Silencing-Aktivität voraus, legt keinen Delivery-Weg fest und stützt keine Sicherheits-, klinischen oder regulatorischen Schlussfolgerungen.
Zugehörige Katalog- und Technikseiten
Quellen
- 1.RNA interference is mediated by 21- and 22-nucleotide RNAs (Genes & Development, 2001)
- 2.RNA interference in mammalian cells by chemically-modified RNA (Nucleic Acids Research, 2003)
- 3.Multivalent N-acetylgalactosamine-conjugated siRNA localizes in hepatocytes and elicits robust RNAi-mediated gene silencing (Journal of the American Chemical Society, 2014)
- 4.Advanced siRNA Designs Further Improve In Vivo Performance of GalNAc-siRNA Conjugates (Molecular Therapy, 2018)