Wie dies ein Projekt unterstützt
Die Auswahl beginnt mit genauer Strangarchitektur und Synthesezyklus. Monomer, Schutz, Support, Aktivierung, Oxidation oder Sulfurisierung, Capping, Abspaltung, Entschützung, Reinigung und Analytik müssen als ein Prozess kompatibel sein.
Vom vollständigen Strang und den Bedingungen ausgehen
Die Festphasensynthese mit Phosphoramiditen wiederholt Detritylierung, Kupplung, Oxidation oder Sulfurisierung und Capping am gebundenen Strang. Monomere, Support oder Linker, Reagenzien und Endbehandlung hängen von DNA, RNA, gemischtem oder modifiziertem Backbone und internen oder terminalen Gruppen ab.
Ein modifiziertes Monomer ist nicht nur über Base oder Zucker definiert. Phosphoramiditposition, Schutzgruppen, Stereochemie, Wasser oder Lösungsmittel, Reinheit, Lagerung, Aktivierung, Kupplungszeit und Entschützung können Einbau und Impurities verändern und müssen im Zielkontext geprüft werden.
Typische Material- und Chemieprüfung
Architektur definieren
Sequenz, DNA/RNA, Modifikationen, Backbone, 3′/5′-Enden, interne Handles und Konjugations- oder Markierungsstellen.
Monomere und Support zuordnen
Jedes Phosphoramidit positionieren und einen Support oder Linker für das 3′-Ende und die Abspaltung wählen.
Synthesezyklus prüfen
Detritylierung, Aktivierung, Zeit und Äquivalente, Capping, Oxidation/Sulfurisierung, Waschen, Wasserempfindlichkeit und Wiederholung.
Abspaltung und Entschützung planen
Schutzgruppen ohne unzulässigen Strangbruch, Desulfurisierung, Eliminierung, Isomerisierung oder Handle-Schaden entfernen.
Reinigung und Analytik festlegen
Fehlsequenzen, unvollständig entschütztes Material, PO/PS-Varianten, Isomere, Addukte, Rückstände und Routenimpurities trennen.
Leistung im Kontext bestätigen
Einbau, Rohprofil, Full-length-Rückgewinnung, Identität, Reinheit und Impurities an einem repräsentativen Strang prüfen.
Benötigte Angaben
Sequenz und Modifikationskarte
Exakte Sequenz mit modifizierten Nukleotiden, Linkages, Enden, Spacern, Verzweigung, Label, Ligand und Position.
Syntheseformat
DNA/RNA-Chemie, Anlage, Scale, Support und Beladung, Aktivator, Zyklus, Oxidation/Sulfurisierung und Zeit.
Abspaltung und Entschützung
Reagenzien, Temperatur, Zeit, Reihenfolge, On-column-Schritte und zu erhaltende Gruppen.
Materialspezifikation
Struktur, Stereochemie, Assay/Reinheit, Wasser, Lösungsmittel, reaktiver Gehalt, Lagerung, Verpackung und Dokumente.
Analytik des fertigen Strangs
Masse, Reinheit/Full-length, Sequenz bei Bedarf, PO/PS-Muster, Impurities, Rückstände und Konjugat.
Umfang
Umfasst Auswahl und vereinbarte Arbeit für modifizierte Nukleoside und Phosphoramidite, Supports oder Linker, Sulfurisierungsreagenzien, Cap-bezogene Materialien und definierte Inputs. Keine Zusage für alle Monomere, Supports, Sequenzen, Schutzsysteme, Plattformen, Maßstäbe oder fertige Oligos sowie keine Garantie für Kupplung, Full-length-Ausbeute, Reinheit, Stereochemie, Aktivität, Stabilität oder regulatorischen Status.
Zugehörige Katalog- und Technikseiten
Quellen
- 1.Deoxynucleoside phosphoramidites—A new class of key intermediates for deoxypolynucleotide synthesis (Tetrahedron Letters, 1981)
- 2.Synthesis of deoxyoligonucleotides on a polymer support (Journal of the American Chemical Society, 1981)
- 3.New nucleoside phosphoramidites and coupling protocols for solid-phase RNA synthesis (The Journal of Organic Chemistry, 1991)
- 4.Phosphorothioate Oligonucleotides with Low Phosphate Diester Content: Greater than 99.9% Sulfurization Efficiency with Aged Solutions of PADS (Organic Process Research & Development, 2004)