Comment cela soutient un projet
La spécification matière doit décrire séparément les brins sens et antisens, avec modifications du sucre, liaisons du squelette, extrémités, surplombs et sites de conjugaison.
Traiter le duplex comme deux brins définis
Un duplex siRNA synthétique ne se décrit pas par une seule séquence. Les brins sens et antisens ont chacun leur séquence, leurs extrémités et leur plan de modification; surplombs et sites de conjugaison doivent aussi être attribués à un brin et une position précis.
Le profil de modification dépend du design. Les travaux publiés sur les résidus 2′-O-méthyle et 2′-fluoro montrent que leur position sur les deux brins influence stabilité et activité RNAi. Un profil établi pour un design ne constitue donc pas une règle universelle.
Flux chimique type
Définir les deux brins
Documenter séquences sens et antisens, longueurs, surplombs et format de duplex prévu.
Cartographier chaque modification
Attribuer chaque modification sucre, base, squelette et terminale à la bonne position sur le bon brin.
Choisir monomères, supports et chimie de cycle
Adapter phosphoramidites protégées, supports solides, oxydation ou sulfuration et déprotection à chaque brin.
Synthétiser et purifier séparément
Planifier clivage, déprotection et purification de chaque brin avant la formation du duplex.
Installer le conjugué si nécessaire
Définir brin, position, architecture du ligand, segment espaceur et introduction de la fonction réactive sur support ou après synthèse.
Former et caractériser le duplex
Hybrider les brins purifiés et définir les contrôles d’identité, pureté, formation du duplex et confirmation du conjugué.
Informations nécessaires avant le choix des matériaux
Séquences sens et antisens
Fournir les deux brins avec orientation et surplombs; le nom du gène cible ne constitue pas une spécification matière.
Plan de modification position par position
Localiser 2′-OMe, 2′-F, RNA non modifié, bases modifiées et autres résidus.
Profil du squelette et des extrémités
Marquer liaisons phosphorothioate, phosphates terminaux ou analogues et extrémités bloquées ou fonctionnalisées.
Définition de la conjugaison
Préciser brin, site terminal ou interne, ligand ou fonction réactive lipidique, espaceur et paire réactionnelle.
Plan analytique
Définir les contrôles de chaque brin, de l’espèce conjuguée et du duplex hybridé.
Périmètre de cette page
Cette page couvre les matériaux et la planification chimique pour la recherche siRNA. Elle ne choisit pas la séquence cible, ne prédit pas l’activité de silencing, ne fixe pas une voie de vectorisation et ne fonde aucune conclusion de sécurité, clinique ou réglementaire.
Catalogue et pages techniques associés
Sources
- 1.RNA interference is mediated by 21- and 22-nucleotide RNAs (Genes & Development, 2001)
- 2.RNA interference in mammalian cells by chemically-modified RNA (Nucleic Acids Research, 2003)
- 3.Multivalent N-acetylgalactosamine-conjugated siRNA localizes in hepatocytes and elicits robust RNAi-mediated gene silencing (Journal of the American Chemical Society, 2014)
- 4.Advanced siRNA Designs Further Improve In Vivo Performance of GalNAc-siRNA Conjugates (Molecular Therapy, 2018)