Comment cela soutient un projet
La sélection part de l’architecture exacte et du cycle. Monomère, protection, support, activation, oxydation ou sulfurisation, capping, clivage, déprotection, purification et analyse doivent être compatibles dans un même procédé.
Partir de la chaîne et des conditions complètes
La synthèse solide par phosphoramidite répète détritylation, couplage, oxydation ou sulfurisation et capping sur une chaîne liée au support. Monomères, support ou espaceur, réactifs et traitement final dépendent d’une cible DNA, RNA, mixte ou à backbone modifié, et de fonctions internes ou terminales.
Un monomère modifié ne se définit pas seulement par sa base ou son sucre. Position phosphoramidite, protections, stéréochimie, eau ou solvant, pureté, stockage, activation, temps de couplage et déprotection peuvent modifier incorporation et impuretés ; ils doivent être testés dans la séquence visée.
Revue type des matériaux et de la chimie
Définir l’architecture
Séquence, caractère DNA/RNA, modifications, backbone, extrémités 3′/5′, fonctions réactives internes et sites de conjugaison ou marquage.
Mapper monomères et support
Affecter chaque phosphoramidite et choisir support ou espaceur compatible avec l’extrémité 3′ et le clivage.
Vérifier le cycle
Détritylation, activation, temps et équivalents, capping, oxydation/sulfurisation, lavages, sensibilité à l’eau et répétition.
Planifier clivage et déprotection
Retirer les protections sans rupture, désulfurisation, élimination, isomérisation ou dommage aux fonctions réactives sensibles.
Définir purification et analyses
Séparer séquences d’échec, déprotection incomplète, variantes PO/PS, isomères, adduits, résidus et impuretés de voie.
Confirmer en contexte
Évaluer incorporation, profil brut, récupération pleine longueur, identité, pureté et impuretés sur une chaîne représentative.
Informations requises
Séquence et carte
Séquence exacte avec chaque nucléotide modifié, liaison, extrémité, segment espaceur, branche, label, ligand et position.
Format de synthèse
Chimie DNA/RNA, équipement, échelle, support et charge, activateur, cycle, oxydant/sulfurant et temps.
Clivage et déprotection
Réactifs, température, temps, ordre, traitement on-column et groupes à préserver.
Spécification matière
Structure, stéréochimie, méthode teneur/pureté, eau, solvant, contenu réactif, stockage, conditionnement et documents.
Analyse de la chaîne finale
Masse, pureté ou pleine longueur, séquence si nécessaire, motif PO/PS, impuretés, résidus et conjugué.
Périmètre
Couvre sélection et travail convenu pour nucléosides et phosphoramidites modifiés, supports ou espaceurs, réactifs de sulfurisation, matériaux liés aux caps et autres intrants définis. N’implique pas tous monomères, supports, séquences, protections, plateformes, échelles ou service d’oligo fini et ne garantit pas couplage, rendement pleine longueur, pureté, stéréochimie, activité, stabilité ou statut réglementaire.
Catalogue et pages techniques associés
Sources
- 1.Deoxynucleoside phosphoramidites—A new class of key intermediates for deoxypolynucleotide synthesis (Tetrahedron Letters, 1981)
- 2.Synthesis of deoxyoligonucleotides on a polymer support (Journal of the American Chemical Society, 1981)
- 3.New nucleoside phosphoramidites and coupling protocols for solid-phase RNA synthesis (The Journal of Organic Chemistry, 1991)
- 4.Phosphorothioate Oligonucleotides with Low Phosphate Diester Content: Greater than 99.9% Sulfurization Efficiency with Aged Solutions of PADS (Organic Process Research & Development, 2004)