Comment cela soutient un projet
La sélection définit système E3, deux vecteurs de sortie, espace espaceur, assemblage et tests. Un ligand-espaceur ne démontre pas la dégradation.
Chaque bloc de synthèse appartient au système ternaire
Un PROTAC contient ligand cible, ligand E3 et espaceur. Pour CRBN, VHL ou autre, E3, stéréochimie, protection et vecteur de sortie sont définis.
Composition, rigidité, polarité, branchement, connexion et vecteurs de sortie influencent conformation, propriétés et géométrie. Un exemple publié ne fait qu’ouvrir une série.
Flux type
Définir les ligands
Identité, liaison, stéréochimie, contraintes et vecteurs de sortie.
Choisir les fonctions réactives
Groupes complémentaires et ordre de couplage.
Concevoir la matrice espaceur
Varier longueur, PEG/alkyle, rigidité, polarité, branchement et orientation.
Choisir l’étape
Dérivé E3, ligand-espaceur, cible-espaceur, bifonctionnel ou protégé.
Caractériser
Structure, identité, pureté, stéréochimie, groupes, résidus et stockage.
Tester les degraders complets
Liaison, complexe ternaire, dégradation, mécanisme, sélectivité et fonction.
Informations requises
ligand cible
Identité/structure, preuve, vecteur de sortie, groupes et forme.
ligand E3
Système, squelette, stéréochimie, vecteur de sortie, protection et base.
Matrice espaceur
Longueur, composition, rigidité, polarité, branchement, extrémités et propriétés.
Synthèse
Intermédiaire, ordre, protection, échelle, forme, pureté et analyse.
Tests biologiques
Liaison, ternaire, dégradation, dépendances, sélectivité, temps et fonction.
Périmètre
Couvre dérivés E3, ligand-espaceurs, espaceurs et intermédiaires bifonctionnels. N’affirme pas liaison, complexe ternaire, dégradation, perméabilité, sélectivité, efficacité, sécurité ou aptitude clinique/réglementaire.
Points clés
- Dérivés CRBN et VHL
- espaceurs PEG, alkyle et rigides
- ligand-espaceurs et intermédiaires bifonctionnels
Catalogue et pages techniques associés
Sources
- 1.Catalytic in vivo protein knockdown by small-molecule PROTACs (Nature Chemical Biology, 2015)
- 2.Structural basis of PROTAC cooperative recognition for selective protein degradation (Nature Chemical Biology, 2017)
- 3.E3 Ligase Ligands in Successful PROTACs: An Overview of Syntheses and Linker Attachment Points (Frontiers in Chemistry, 2021)
- 4.Rationalizing PROTAC-Mediated Ternary Complex Formation Using Rosetta (Journal of Chemical Information and Modeling, 2021)