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Plateformes technologiques

Blocs de synthèse PROTAC / TPD

Dérivés CRBN/VHL, ligand-espaceurs, intermédiaires bifonctionnels et blocs de synthèse de espaceur.

Comment cela soutient un projet

La sélection définit système E3, deux vecteurs de sortie, espace espaceur, assemblage et tests. Un ligand-espaceur ne démontre pas la dégradation.

Chaque bloc de synthèse appartient au système ternaire

Un PROTAC contient ligand cible, ligand E3 et espaceur. Pour CRBN, VHL ou autre, E3, stéréochimie, protection et vecteur de sortie sont définis.

Composition, rigidité, polarité, branchement, connexion et vecteurs de sortie influencent conformation, propriétés et géométrie. Un exemple publié ne fait qu’ouvrir une série.

Flux type

1

Définir les ligands

Identité, liaison, stéréochimie, contraintes et vecteurs de sortie.

2

Choisir les fonctions réactives

Groupes complémentaires et ordre de couplage.

3

Concevoir la matrice espaceur

Varier longueur, PEG/alkyle, rigidité, polarité, branchement et orientation.

4

Choisir l’étape

Dérivé E3, ligand-espaceur, cible-espaceur, bifonctionnel ou protégé.

5

Caractériser

Structure, identité, pureté, stéréochimie, groupes, résidus et stockage.

6

Tester les degraders complets

Liaison, complexe ternaire, dégradation, mécanisme, sélectivité et fonction.

Informations requises

ligand cible

Identité/structure, preuve, vecteur de sortie, groupes et forme.

ligand E3

Système, squelette, stéréochimie, vecteur de sortie, protection et base.

Matrice espaceur

Longueur, composition, rigidité, polarité, branchement, extrémités et propriétés.

Synthèse

Intermédiaire, ordre, protection, échelle, forme, pureté et analyse.

Tests biologiques

Liaison, ternaire, dégradation, dépendances, sélectivité, temps et fonction.

Périmètre

Couvre dérivés E3, ligand-espaceurs, espaceurs et intermédiaires bifonctionnels. N’affirme pas liaison, complexe ternaire, dégradation, perméabilité, sélectivité, efficacité, sécurité ou aptitude clinique/réglementaire.

Points clés

  • Dérivés CRBN et VHL
  • espaceurs PEG, alkyle et rigides
  • ligand-espaceurs et intermédiaires bifonctionnels

Catalogue et pages techniques associés

Sources

  1. 1.Catalytic in vivo protein knockdown by small-molecule PROTACs (Nature Chemical Biology, 2015)
  2. 2.Structural basis of PROTAC cooperative recognition for selective protein degradation (Nature Chemical Biology, 2017)
  3. 3.E3 Ligase Ligands in Successful PROTACs: An Overview of Syntheses and Linker Attachment Points (Frontiers in Chemistry, 2021)
  4. 4.Rationalizing PROTAC-Mediated Ternary Complex Formation Using Rosetta (Journal of Chemical Information and Modeling, 2021)