如何支持项目
选料必须从准确的链结构和合成循环开始。单体身份、保护基、固相载体、偶联活化、氧化或硫化、封端、切割、脱保护、纯化和分析需要作为一个流程相互兼容。
从完整链结构和合成条件开始
亚磷酰胺固相合成通过重复脱三苯甲基、偶联、氧化或硫化和封端延长载体上的链。所需亚磷酰胺、载体或 连接子、试剂和最终处理取决于目标是 DNA、RNA、混合或骨架修饰寡核苷酸,还是带有内部或末端功能基的链。
修饰单体不能只按碱基或糖修饰定义。亚磷酰胺位置、碱基和羟基保护、立体形式、溶剂或含水量、纯度、储存、活化条件、偶联时间和脱保护相容性均可能影响掺入和相关杂质。必须在预定序列和循环中验证。
典型物料与化学评估流程
定义链结构
提供序列、DNA/RNA 属性、每个糖和碱基修饰、骨架连接模式、3′/5′ 末端、内部手柄及偶联或标记位点。
映射单体与载体
把每个保护亚磷酰胺对应到具体位置,并选择可生成所需 3′ 端且与切割条件相容的载体或载体 连接子。
检查合成循环
评估脱三苯甲基、活化、偶联时间与当量、封端、氧化或硫化、洗涤、水敏感性和修饰残基的循环相容性。
规划切割与脱保护
确认碱基、磷酸、糖、连接子 和末端保护基的去除不会造成不可接受的断链、脱硫、消除、异构化或敏感手柄损伤。
定义纯化与分析控制
规划分离失败序列、未完全脱保护物、磷酸/硫代磷酸变体、异构体、加合物、残留试剂和路线杂质。
在具体序列中确认表现
在代表性链中评价掺入、粗品图谱、全长回收、身份、纯度和指定杂质,不能直接假设可转移到其他序列或规模。
选料前需要提供的信息
序列与修饰图
准确序列,并标出每个修饰核苷酸、骨架连接、末端基、间隔基、分支、标签、配体和连接位置。
合成形式
DNA/RNA 化学、设备或工艺形式、规模、载体及负载量、活化剂、循环、氧化/硫化试剂和偶联时间。
切割与脱保护条件
试剂、温度、时间、顺序、柱上处理,以及必须保留的官能团或连接。
物料规格
结构、立体形式、含量或纯度方法、水与溶剂要求、必要时的活性基含量、储存、包装和文件。
成品链分析方案
质量身份、纯度或全长含量、必要时的序列确认、磷酸/硫代磷酸模式、指定杂质、残留和偶联物确认。
本能力范围
本能力覆盖修饰核苷和亚磷酰胺、固相载体或 连接子 输入物、硫化试剂、帽相关材料及其他明确合成输入物的选择和约定项目工作。不表示所有单体、载体、序列、保护体系、合成平台、规模或成品寡核苷酸服务均可提供,也不承诺偶联效率、全长收率、纯度、立体结果、生物性能、稳定性或法规状态。项目范围按准确结构与工艺条件确认。
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参考来源
- 1.Deoxynucleoside phosphoramidites—A new class of key intermediates for deoxypolynucleotide synthesis (Tetrahedron Letters, 1981)
- 2.Synthesis of deoxyoligonucleotides on a polymer support (Journal of the American Chemical Society, 1981)
- 3.New nucleoside phosphoramidites and coupling protocols for solid-phase RNA synthesis (The Journal of Organic Chemistry, 1991)
- 4.Phosphorothioate Oligonucleotides with Low Phosphate Diester Content: Greater than 99.9% Sulfurization Efficiency with Aged Solutions of PADS (Organic Process Research & Development, 2004)