siRNA 研究プログラム

プロジェクトへの支援内容

材料仕様では、センス鎖とアンチセンス鎖を分け、糖修飾、骨格結合、末端、オーバーハング、コンジュゲーション部位を記載する必要があります。

二本鎖を2本の明確な鎖として扱う

合成siRNA二本鎖は、1つの配列だけでは定義できません。センス鎖とアンチセンス鎖にはそれぞれ配列、末端、修飾マップがあり、オーバーハングとコンジュゲーション部位も鎖と位置を特定する必要があります。

修飾パターンは設計ごとに異なります。2′-O-メチル残基と2′-フルオロ残基に関する公開研究では、両鎖上の配置が安定性とRNAi活性に影響しています。そのため、1つの設計のパターンを一般的な置換規則として扱うことはできません。

一般的な化学工程

両方の鎖を定義する

センス鎖とアンチセンス鎖の配列、鎖長、オーバーハング、予定する二本鎖形式を記録します。

すべての修飾を配置する

糖、塩基、骨格、末端の各修飾を、正しい鎖の正確な位置に割り当てます。

モノマー、担体、サイクル化学を選ぶ

保護ホスホロアミダイト、固相担体、酸化または硫化、脱保護条件を各鎖の設計に合わせます。

各鎖を別々に合成・精製する

二本鎖形成前に、それぞれの鎖について切り出し、脱保護、精製を計画します。

必要に応じてコンジュゲートを導入する

対象鎖、位置、リガンド構造、スペーサー、固相上または合成後の導入方法を定義します。

二本鎖を形成し評価する

精製した鎖をアニーリングし、鎖の同一性、純度、二本鎖形成、コンジュゲート確認方法を決めます。

材料選定前に必要な情報

センス鎖とアンチセンス鎖の配列

両鎖の方向とオーバーハングを示します。標的遺伝子名だけでは材料仕様になりません。

位置ごとの修飾マップ

2′-OMe、2′-F、未修飾RNA、修飾塩基、その他の残基を正確に配置します。

骨格と末端のパターン

ホスホロチオエート位置、末端リン酸または類似体、ブロックまたは機能化末端を示します。

コンジュゲーション定義

鎖、末端または内部部位、リガンドまたは脂質ハンドル、リンカー、反応対を指定します。

分析計画

各鎖、コンジュゲート種、アニーリング後の二本鎖に必要な確認項目を定義します。

このページの範囲

このページはsiRNA研究用の材料と化学計画を扱います。標的配列の選定、サイレンシング活性の予測、デリバリー経路の決定、安全性・臨床・規制上の結論は対象外です。